De GNA bestaat operationeel uit een Vlaamse nautisch dienstchef van de afdeling Scheepvaartbegeleiding en een Nederlandse Hoofdverkeersleider van Rijkswaterstaat. Volgens het GNB-verdrag beslist en treedt de GNA naar buiten toe op als één entiteit. Operationele beslissingen worden dan ook in overeenstemming genomen. 

Operationele taken

• coördineren van het scheepvaartverkeer; 
• uitoefenen van het dagelijks toelatingsbeleid: bepalen van de eventuele voorwaarden voor de op- en afvaart van een schip op grond van de bestaande regels;  
• verkeersregulerend optreden en geven van dwingende instructies aan de scheepvaart om gevaarlijke situaties en verkeerscongesties te vermijden;
• opstellen vaarplanning met bijzondere aandacht voor diepstekende en tijgebonden schepen, schepen met gevaarlijke stoffen aan boord, bijzondere en risicovolle transporten;
• zorgen voor de coördinatie tussen de verkeerscentrales;
• communiceren en adviseren bij calamiteiten.

Naast haar operationele taken adviseert de GNA bij het ontwikkelen van beleid en nieuwe of aan te passen regelgeving.

Bekendmakingen aan de scheepvaart

De hoofden van de GNA kunnen, na goedkeuring door de Permanente Commissie, in gezamenlijke bekendmakingen algemene nadere eisen stellen ten behoeve van een veilige en vlotte verkeersafwikkeling. Een voorbeeld hiervan is de op- en afvaartregeling voor bijzonder grote schepen.