Om een vlotte en veilige scheepvaart in het Scheldegebied te garanderen, werken Vlaanderen en Nederland samen. De GNA zorgt dagelijks voor veilig en vlot scheepvaartverkeer.

De GNA geeft uitvoering aan de door de Permanente Commissie opgestelde regels en staat in voor

• De algemene coördinatie, ordening en opvolging van alle scheepvaartverkeer in het Scheldegebied.
• De GNA staat in nauw contact met de VTS-verkeerscentrales, waar verkeersleiders mee uitvoering geven aan het toelatingsbeleid en de scheepvaart mee opvolgt.
• Het toelatingsbeleid: om schepen met grote diepgang vlot en veilig hun bestemming te laten bereiken, berekent de GNA tijpoorten Dit is een tijvenster waarin een voldoende hoge waterstand aanwezig is, rekening houdend met de diepgang van het schip. Hierbij wordt de Westerscheldeplanner (WESP) gebruikt.
• Nautisch- operationeel advies bij beleidsvoorbereiding maatregelen en regelgeving.
• Uitoefenen van een havenneutraal verkeersmanagement. 
• Bepalen van de voorwaarden waaronder een schip gebruik kan maken van de vaarweg.
• Operationele invulling van het geïntegreerd verkeersmanagement rekening houdend met o.a. de verkeersplanning van de havens, de fysieke mogelijkheden van de vaarweg, de veiligheid, de beschikbaarheid van de nautische dienstverlening.
• Toezicht op het loodsplichtregime.
• Uitgeven van Berichten aan de Scheepvaart in het Scheldegebied (BASS).
• Opstellen van Gezamenlijke Bekendmakingen (GB).
• Treffen van de eerste remediërende maatregelen bij een scheepsongeval, bijv. het opleggen van een scheepvaartstremming.

De kern van de GNA bestaat uit negen adviseurs van Verkeer- en Watermanagement (VWM) van Rijkswaterstaat en acht Nautisch Dienstchefs van afd. Scheepvaartbegeleiding, Maritieme Dienstverlening en Kust